Đáp án: Vì : - Hiệu quả chậm nên phải dùng số lượng lớn và thường được sử dụng để bón lót với liều lượng thích hợp

- Việc ủ phân bón vi sinh ở dạng thủ công có thể gây ra mất cảnh quan và phát tán mùi hôi

- Điều kiện bảo quản phải nghiêm ngặt để tránh mất hàm lượng dinh dưỡng

- Phân bón vi sinh không cung cấp hoặc chỉ cung cấp một lượng vừa phải các chất dinh dưỡng (từ những vi sinh vật cố đinh đạm, vi sinh vật phân giải lân,..) cho cây trồng, không đủ khả năng cung cấp đầy đủ và cân đối các chất dinh dưỡng cho cây trồng.

- Có hạn sử dụng và mỗi loại chỉ thích hợp cho 1 hoặc 1 nhóm cây trồng. Ví dụ phân vi sinh cố đinh đạm chỉ phù hợp bón cho các cây trồng họ đậu,….

- Vi sinh vật phải có chất hữu cơ làm nguồn thức ăn để phát triển nền cần bón bổ sung thêm phân bón hưu cơ khi bón phân vi sinh, khiến tốn thêm một khoản chi phí để bón phân hữu cơ.

- Chất lượng và số lượng của thành phần phân ủ phân vi sinh thường không đồng đều.

- Cần có diện tích lớn để ủ và tốn công ủ nếu không có nhiều người làm.

Phần lớn các loài vi khuẩn cố định đạm thường sống cộng sinh với các cây họ đậu. Chúng xâm nhập vào rễ cây và sống cộng sinh trong đó, tạo thành các nốt sần ở rễ cây. Chúng sử dụng chất hữu cơ của cây để sinh trưởng đồng thời hút đạm từ không khí để cung cấp cho cây, một phần tích luỹ lại trong cơ thể chúng.

Tảo lam cộng sinh với bèo hoa dâu và hút đạm tích luỹ lại làm cho bèo hoa dâu có hàm lượng đạm cao, trở thành cây phân xanh rất quý.

Thời gian gần đây, cùng với những tiến bộ của khoa học và công nghệ, các nhà khoa học đã sử dụng công nghệ gen để tạo ra các chủng vi sinh vật cố định đạm có nhiều đặc điểm tốt: khả năng cố định đạm cao, khả năng cộng sinh tốt. Công nghệ sinh học cũng giúp tạo ra những chủng vi sinh vật có đặc tính cạnh tranh cao với các loài vi sinh vật trong đất. Mặt khác, công nghệ sinh học đã cho phép các nhà khoa học tách được gen quy định đặc tính cố định đạm từ vi khuẩn và đem cấy vào nhân tế bào cây trồng, làm cho một số loài cây trồng cũng tạo được khả năng cố định đạm như vi khuẩn.